细胞利用核糖体化学,通过翻译遗传密码组装 α-氨基酸构件,生成序列定义的蛋白质。目前,人们对操纵这种化学反应以从非 L-α-氨基酸生产序列定义的化学聚合物非常感兴趣,从而实现新的骨架和聚合化学。虽然大肠杆菌核糖体在体外耐受某些非 L-α-氨基酸,但关于结构见解和有效形成键所需的边界条件的知识很少。美国国家科学基金会遗传编码材料中心 (CHE-2002182) 的 Zoe Watson 博士及其同事使用基于元动力学的计算方法来了解非 L-α-氨基酸如何适应核糖体活性位点。他们发现,反应性单体倾向于构象空间,其特征是 A 位亲核试剂与 P 位羰基之间的距离小于 4 Å,Bürgi-Dunitz 角为 90-110° (doi: 10.1038/s41557- 023-01226-w)。这些发现以及相关的计算工作流程应能加速单体设计和相关转化化学,以促进序列定义的非肽异寡聚体的核糖体合成。
主要关键词